Eesti Maaülikooli Võrtsjärve õppekeskus on välja kasvanud Limnoloogiakeskusest. Kolikambrina seisnud Limnoloogiakeskuse endised akvaariumiruumid renoveeriti ja sisustati Võrtsjärve Sihtasutuse eestvedamisel ning nende projektide toel aastatel 2002-2006 järvemuuseumiks. Tulemus sai nii hea, et tollane Eesti Maaülikooli rektor, Alar Karis, moodustas oma käskkirjaga 25.oktoobril 2006 uue struktuuriüksuse, Eesti Maaülikooli Võrtsjärve õppekeskuse.

Võrtsjärve õppekeskuse külastajatele avatud osa on Kalala järvemuuseum. Klassikaliste
stendides seisvate muuseumiobjektide asemel on meie põhitegijad täiesti elus Eestis
elavad mageveekalad. Siseruumides eksponeerime erinevaid liike 15 akvaariumis, lisaks
on soojal ajal kalade käsutuses mahukad välibasseinid.